Quintana Roo es un estado rico en biodiversidad, pues cuenta con 3 millones de hectáreas de superficie de selva, en donde se desarrollan más de 1,500 especies de plantas, lo que lo convierte en el estado con mayor vegetación selvática del país.
Se pueden encontrar árboles como el cedro rojo, caoba, ceiba y chicozapote; además de achiote, algodón, chaya, carrizo, mangle blanco, orquídeas, uña de gato, margarita de mar, etc.Quintana Roo es el hogar de una gran diversidad de mamíferos tales como: el tejón, tigre, tigrillo, mono saraguato, oso hormiguero, murciélago y muchos más.
Además de aves cómo el faisán, cardenal, pelícano, pericos, palomas, tucanes, gaviotas, garza blanca y zopilotes entre otros.
La fauna marina se compone por el tiburón, mero, sierra, sábalo, pargos, cazones, manatí, tortugas, pulpo, ballena y delfines entre otras.
Algunas especies se encuentran en peligro de extinción debido a la caza irracional como el lagarto, venado de cola blanca, manatí y una importante cantidad de tortugas marinas.El 25% del territorio de Quintana Roo, se encuentra bajo algún esquema de protección ecológica, con la finalidad de preservar los recursos naturales y la impresionante diversidad biológica del estado.
Entre las reservas ecológicas se encuentran: Isla Contoy, Parque Nacional Arrecifes de Cozumel, Parque Marino en isla Mujeres, Reserva de la Biósfera de Sian Ka´an, Banco Chinchorro entre otras.
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